Clausola opzione iva contratto di locazione

In un contratto di locazione ad uso diverso da abitativo tra 2 soggetti Iva non è stata indicata nel contratto la clausola che si intende optare per l'applicazione dell'Iva e per il pagamento dell'imposta di registro con l'aliquota dell'1%.

Nonostante ciò il locatore applica l'Iva sulle fatture dei canoni di locazione e ha pagato l'imposta di registro in sede di registrazione e negli anni successivi con l'aliquota dell'1%.

Chiediamo conferma se il locatore può fare fattura con Iva anche se manca opzione per Iva nel contratto oppure se il locatore deve fare fattura esente Iva e con imposta di registro al 2% (diventerebbe Indetraibile anche l'Iva detratta finora dal conduttore).

Grazie